Охрана природных территорий и объектов инфраструктуры является важнейшей задачей организации и включает постоянный контроль, выявление нарушений и оперативное реагирование.
Управление охраны и инспекторского контроля осуществляет систематическое обследование территорий. При обнаружении нарушений рассчитывается размер вреда, причиненного окружающей среде, осуществляется возбуждение и расследование дел об административных правонарушениях, вынесение постановлений и назначение соответствующих наказаний.
Учреждение также осуществляет обследование территорий и рассмотрение пакетов документов при запросах на оформление охранных обязательств.
Важной частью деятельности Учреждения является выявление незаконного использования природных территорий, разработка и внесение предложений в Департамент природопользования и охраны окружающей среды города Москвы по выводу с подведомственных территорий непрофильных организаций.