Сохранение и восстановление биологического разнообразия, нарушенных ландшафтов и биогеоценозов можно назвать одной из основных задач учреждения.
Управление экологического просвещения и учета животных ведет строгий учет и мониторинг растений и животных на подведомственных территориях. Специалисты изучают маршруты животных и организуют их подкормку, ведут текущий ремонт кормушек и искусственных гнездовий, а самое главное, возвращают в природу утраченные ранее виды.
Учреждение занимается также восстановлением популяций редких растений в московских лесах. Реабилитация полян, луговин, лугов, лесов, болот, создание ремиз ― это лишь малая часть текущей деятельности ГБУ «Мосприрода» по сохранению и восстановлению уникальной флоры города Москвы.